市生态环境局设置4个派出机构，分别是海口市生态环境局秀英分局、龙华分局、琼山分局、美兰分局，分别负责秀英区、龙华区、琼山区、美兰区的生态环境保护工作，各分局根据属地原则承担辖区内各开发区园区的生态环境管理具体工作。各分局贯彻执行党中央关于生态环境工作的方针政策和相关法律法规，落实省委、市委决策和市局党组工作部署以及海南自由贸易港建设的政策措施，在履行职责过程中坚持和加强党对生态环境工作的集中统一领导。主要职责具体如下：
（一）负责拟订并组织实施辖区生态环境保护工作的发展规划和制度措施，研究提出辖区推进海南自由贸易港建设有关生态环境方面的意见和建议，推进生态环境保护改革。
（二）指导生态环境问题的统筹协调和监督。配合协调环境污染事故、生态破坏事件的调查处理；指导、协调辖区突发生态环境事件的应急、预警工作；指导实施生态环境损害赔偿制度；协调解决跨区域环境污染纠纷；统筹协调排污口设置管理；统筹协调重点区域、流域生态环境保护工作。
（三）负责监督管理辖区减排目标的落实。监督实施陆地等各类污染物排放总量控制计划，配合确定大气、水等纳污能力；监督检查各地污染物减排任务完成情况，实施生态环境保护目标责任制。
（四）会同有关部门开展地方党政领导班子和领导干部生态环境保护实绩评价工作。
（五）配合做好生态环境领域固定资产投资和财政性资金等工作。参与指导推动循环经济和生态环保产业发展。
（六）负责辖区环境污染防治的监督管理。配合制定大气、水、土壤、噪声等的污染防治管理制度并监督实施；会同有关部门监督管理饮用水水源地生态环境保护工作，组织指导城乡生态环境综合整治工作，监督指导农业面源污染治理工作。
（七）指导、协调、监督辖区生态保护修复工作，参与推进国家生态文明试验区（海南）建设工作。组织编制区级生态保护规划；监督对生态环境有影响的自然资源开发利用活动、重要生态环境建设和生态破坏恢复工作；协调、监督生物多样性保护、野生动植物保护、湿地环境保护工作；指导、协调和监督辖区农村生态环境保护，指导开展各类生态创建工作和生态示范区建设工作；参与生态保护补偿工作。
（八）开展辐射安全的监督管理工作。配合开展辐射事故应急处置工作。
（九）负责生态环境准入的监督管理。按管理权限组织审批或审查项目环境影响评价文件；组织实施生态环境准入清单。
（十）开展应对气候变化及温室气体减排规划和政策措施、应对气候变化及碳减排的日常工作。
（十一）配合开展生态环境保护督察。配合中央、省、市生态环境保护督察工作，协调辖区生态环境保护督察相关工作。
（十二）指导协调生态环境监督执法。配合开展环境违法案件调查；配合开展生态环境执法稽查工作。
（十三）配合开展生态环境宣传教育工作，推动社会组织和公众参与生态环境保护，指导生态环境科技工作。
（十四）承办上级交办的其他任务。
